Al kisah.... terbinanya sebuah bangunan kerajaan yang dijadikan tempat menuntut ilmu berhampiran dengan jalan utama pada 4 Disember 1989. Pada asalnya ia diberi nama Sekolah Menengah Seaport 2. Tidak lama kemudian, pada 19 Januari 1990 nama tersebut ditukar menjadi Sekolah Menengah Kebangsaan Kelana Jaya. Oleh kerana Kelana Jaya mempunyai kepadatan penduduk yang tinggi pada ketika itu, sekolah ini dapat menampung bagi memenuhi keperluan akademik penduduk setempat.
Di ceritakan pada asalnya sekolah ini mempunyai 4 blok bangunan untuk belajar termasuk makmal, pusat sumber, bilik seni, dewan dan lain-lain kemudahan asas. Kemudian, surau telah dibina berhampiran dengan pagar pintu belakang sekolah bagi memudahkan pelajar dan guru muslim menunaikan ibadat solat.
Masa berganti masa, kini sekolah SMK Kelana jaya ini berada di tengah-tengah daerah pembangunan yang pesat kerana di sekitarnya terdapat shopping mall seperti Paradigm Mall, Giant, Bangunan Kastam Malaysia dan lain-lain.
Salah satu hikayat mengatakan... SMK Kelana Jaya mempunyai pegangan dan falsafah tersendiri iaitu...
Rancangan Pendidikan Sekolah Menengah Kebangsaan Kelana Jaya adalah berlandaskan satu usaha yang berterusan ke arah memperkembangkan dan mempertingkatkan lagi potensi secara keseluruhannnya serta bersepadu untuk menghasilkan insan yang seimbang dan harmonis, di samping mempunyai daya kesefahaman yang tinggi bagi memenuhi aspirasi dan kehendak individu tersebut, masyarakat dan negara. Usaha-usaha yang dipraktikkan ini diharap akan melahirkan tahap kecemerlangan dalam bidang akademik, kokurikulum dan disiplin melalui usaha bersama pihak para pelajar, guru, ibu bapa, Jabatan Pelajaran Negeri dan Kementerian Pelajaran Negeri dan Kementerian Pelajaran Malaysia.
Kemudiannya sekolah ini mempunyai MISI dan VISI yang tersendiri iaitu
Membangun Potensi Individu Melalui Pendidikan Berkualiti (MISI)
Sekolah Unggul Penjana Generasi Terbilang (VISI)
